El Hospital Pediátrico Municipal de Encarnación, cuenta con un vacunatorio que cumple con todos los requerimientos del Programa Nacional de Enfermedades Inmunoprevenibles y PAI, conocido como Programa Ampliado de Inmunizaciones (PAI), dependiente del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social del Paraguay. Su horario de atención es de lunes a viernes de 7 a 12 horas

Las vacunas con las que cuenta el vacunatorio son:
• BCG: Inmuniza contra la forma grave de tuberculosis
• BOPV: Inmuniza contra la parálisis infantil
• ROTAVIRUS: Contra la diarrea rotavirus
• (DPT+HB+Hib)PENTAVALENTE: Contra difteria, tétanos, tos convulsa, meningitis, neumonía y hepatitis
• PCV13: Protege contra neumococo, meningitis, neumonía y otitis
• ANTI INFLUENZA: Enfermedad respiratoria y otras complicaciones previene.
• VVZ: Contra la varicela
• VHA pediátrica: Contra el virus de la hepatitis A
• SPR: Contra la sarampión ,parotiditis y rubeola
• DPT: Contra difteria , tos convulsa y tétanos
• TD: Contra difteria y tétanos
• TDPA: Contra tétano ,difteria y tos convulsa
• AA: Contra la fiebre Amarilla
• VPH: Contra el cáncer uterino
• VHB adulto: Contra la hepatitis “B”
• VHB pediátrico: Contra la hepatitis “B”
• SR: Contra sarampión y rubeola
• VACUNA CON POLIOVIRUS: contra la Poliomelitis

Las vacunas ayudan a proteger contra muchas enfermedades que solían ser mucho más comunes. Los ejemplos incluyen tétanos, difteria, paperas, sarampión, tos ferina (tos convulsiva), meningitis y poliomielitis. Muchas de estas infecciones pueden causar enfermedades serias o potencialmente mortales y pueden llevar a discapacidades de por vida. Gracias a las vacunas, muchas de estas enfermedades ahora son poco frecuentes.