Según el Plan de Desarrollo Local de Encarnación, el distrito de Encarnación tiene una superficie total de 27.384 hectáreas; la superficie urbanizada es de 2.502 hectáreas y la no urbanizada 24.882 hectáreas. En esta distribución se insertan los 43 barrios formalmente reconocidos de la ciudad, los cuales rodean el casco céntrico y se extienden hacia las ciudades vecinas.
El cambio de morfología de la ciudad, acaecido en los últimos años con la acción de la Represa Binacional Yacyreta, ha transformado también a los barrios modificando su dinámica social y su densidad poblacional.
Según los datos del 2001 (DGEEC), los barrios con mayor densidad de población y fuerte carácter urbano son:
Barrio San Pedro
Con 7.742 habitantes, ubicado en la margen derecha del Arroyo Mboi Ka´e, a 4 km del centro, limita al este con un tramo de la Avenida Costanera que sirve para consolidar la zona derecha del Arroyo Mboi Ka´e.
Los equipamientos comunitarios: guardería infantil, escuela de nivel primario y secundario, polideportivo de uso público, puesto de salud, comisaria, plaza y espacios públicos verdes.
Pacu Cua con 6.100 habitantes es un barrio retirado y tranquilo, con una buena situación junto a la costa y vistas a Posadas.
San Roque González con 4.132 habitantes
Buena Vista con 3.439 habitantes, ubicado en la zona sudeste de la península central, a 3,6 km de la Plaza de Armas.
Equipamientos comunitarios: guardería infantil, escuela de nivel primario y secundario, polideportivo de uso público, puesto de salud, comisaria, plazas y espacios públicos verdes.
Y con un gran potencial por su ubicación frente al Arroyo Poti´y, zona que esta siendo arborizada, con un programa ambiental en marcha
Gral. Caballero con 3.277 habitantes por otro lado, destacan en la zona rural; Santo Domingo con 7.473
Chaipe con 4.034 habitantes, en su lado norte ligada a la ruta 6, una zona atractiva y tranquila, con jardines privados muy cuidados. La ruta 6 es un polo económico importante, reúne comercios, almacenes, concesionarios, etc.
Y en su zona sur rodeada de grandes extensiones de zonas naturales y sin urbanizar, lo que le confiere un carácter mas rural.
San Isidro con 3.545 habitantes, ubicado en la zona sur de Encarnación, al otro lado del puente internacional, a 8,6 km del centro. Se construyeron 1661 viviendas en 9 etapas, en terrenos disgregados del área suburbana-rural, junto a un tramo de Costanera y Playa de San Isidro.
Equipamientos comunitarios: escuelas de nivel primario y secundarios, polideportivo de uso público, centro de salud, plazas y espacios públicos verdes.
La etnia indígena presente en Encarnación es la Maka y se concentra en la zona rural del distrito.
