La ciudad nació como una Reducción Jesuítica a orillas del Río Paraná, llamándose oficialmente Nuestra Señora de la Encarnación de Itapúa. Fue el 25 de marzo de 1615 cuando Roque González de Santa Cruz, un sacerdote jesuíta, decidió fundar la misión y nombrarla, según la tradición bíblica, en conmemoración al día de la encarnación de la Virgen María.

Esta misión cumplía un doble propósito: la evangelización de los guaraníes de la zona y su protección contra el sistema esclavista de encomiendas, muy difundido en la época, que causaba estragos en las poblaciones nativas.

Inicialmente, estuvo asentada en lo que luego sería la Villa Baja, para luego trasladarse a la zona donde hoy se encuentra la Plaza de Armas. Luego de la expulsión de los jesuitas en 1767, la población disminuyó significativamente. Esta situación comenzó a revertirse con la llegada de los primeros inmigrantes europeos entre 1840 y 1850, quienes se afincaron en la zona y se dedicaron a echar nuevas raíces. Las fértiles tierras de la zona propiciaron el crecimiento y desarrollo de la población, de modo que la otrora misión se convirtió en pueblo, para luego pasar a la categoría de villa.

En el año 1843 la iglesia principal, construida por los guaraníes bajo la dirección de los jesuitas, fue demolida por decreto del entonces cónsul Carlos Antonio López. Los materiales se reutilizaron para erigir nuevas construcciones, como la catedral de Encarnación y el Cuartel de la Independencia hoy Colegio Inmaculada Concepción.

El 7 de octubre de 1848, un decreto desterró a los guaraníes de su propia ciudad. Con sus enseres a cuestas fueron enviados a Tupá Ray la actual localidad de Carmen del Paraná, bajo la vigilancia de guardias. Hacinados y en deplorables condiciones sanitarias, muchos guaraníes murieron por diversas enfermedades.

La Guerra de la Triple Alianza también hirió a la ciudad, provocando éxodos masivos para escapar de la violencia, además de que una gran cantidad de sus habitantes pereció en las batallas ocurridas en el departamento de Ñeembucú.

El largo abandono acontecido luego de la expulsión de los jesuitas más los despojos causados por la guerra habían dejado sus marcas en la villa, que vio renacer sus oportunidades con la llegada de la primera vía de ferrocarril, en el año 1911, y también con una nueva oleada de inmigrantes europeos y asiáticos que terminó por configurar a la ciudad y al departamento completo como la sociedad pluricultural y diversa que es hoy. La villa Encarnación resurgía, fuerte y decidida, frente al río Paraná.

En 1926, un fuerte ciclón golpeó a la ciudad en horas de la tarde, ocasionando alrededor de 400 muertes y causando cuantiosos daños a la infraestructura de Encarnación: edificios, calles y muelles quedaron destruidos. La ciudad volvió a levantarse poco a poco, demostrando una vez más que las adversidades no habrían de mermar los ánimos del pueblo encarnaceno.

El comercio con la vecina ciudad de Posadas siempre fue un puntal económico, realizándose los cruces del río principalmente en botes y lanchas, hasta la inauguración del puente San Roque González de Santa Cruz en 1990. Esta construcción disparó el crecimiento de ambas ciudades, cuyo intercambio comercial perdura hasta hoy.

Las obras de la Entidad Binacional Yacyreta y sus consecuencias sociales sobre la población encarnacena fueron el siguiente gran hito que habría de transformar a la ciudad. Con la subida de la cota por parte de la hidroeléctrica, gran parte de la Villa Baja de Encarnación, además de numerosos barrios, habrían de quedar bajo agua, viéndose sus pobladores obligados a abandonar sus hogares y comercios. Numerosos edificios históricos se perdieron, pero por sobre todo una larga tradición de historias y familias sufrieron el desarraigo acaecido con las nuevas relocalizaciones en otros puntos del territorio. La ciudad emergió nuevamente de ese gran dolor colectivo, y es una memoria que debe trabajarse para comprender y respetar la identidad encarnacena.

Algunas de las obras realizadas por la EBY son 27 kilómetros de costanera, tres playas y el Centro Cívico, el cual es hoy la sede del popular carnaval encarnaceno. La ciudad, que ya era un polo turístico establecido a nivel nacional, creció en infraestructura, oferta gastronómica y ocio, eventos culturales y mucho más, siendo hoy una ciudad cosmopolita con gran importancia económica.

Actualmente, Encarnación es también una ciudad eminentemente joven, con un gran porcentaje de población universitaria. Asimismo, se destaca en deportes como el fútbol playa, el futsal y el básquet. Su ubicación estratégica la convierte en un sitio ideal para la realización de congresos, conferencias y eventos culturales.